L'expertise de l'ONG FERN permet de comparer les certifications FSC et PEFC, notamment leur rapport Behind the logo daté de 2001, qui documente aussi les système de certification FSI (USA) et CSA (Canada).

FERN distingue d'abord les standards basés sur la performance (écologique, sociale), de ceux qui certifient surtout un processus d'amélioration continue (type ISO 14001). FSC est orienté performance alors que PEFC est orienté processus.

FERN a ensuite organisé son évaluation des systèmes de certification grâce aux critères suivants :

1. Des normes objectives, complètes et basées sur la performance, avec des seuils environnementaux et sociaux clairs.
2. Participation égale et équilibrée d’un large éventail de parties prenantes.
3. Système d’étiquetage, avec une chaîne de contrôle crédible.
4. Évaluations indépendantes par des tiers, mécanismes de contrôle adéquats et consultations des parties prenantes.
5. Transparence totale à l’égard de toutes les parties concernées et du public.
6. Certification au niveau de l’unité de gestion forestière, plutôt qu’au niveau national ou régional.
7. Rapport coût-efficacité et caractère volontaire.
8. Engagement du propriétaire/gestionnaire forestier à améliorer la gestion forestière.
9. Applicabilité à toutes les tailles de forêt et à tous les systèmes de propriétés.
10. Une procédure de plainte efficace et transparente.
11. Répétabilité et cohérence.
12. Une procédure d’accréditation transparente et de haute qualité (accréditation : des organismes autorisés à certifier l'exploitation durable d'une forêt).

En 2001, FERN concluait ainsi son rapport Behind the logo : “En résumé, alors que PEFC, CSA et SFI intègrent quelques-uns des éléments essentiels d’un système de certification forestière crédible, FSC fournit des éléments sur l'ensemble des critères. Par conséquent, nous considérons que FSC est le seul cadre disponible qui réponde aux exigences de base énoncées dans ce rapport. Avec un label FSC, le consommateur sait ce qu’il ou elle obtient. Ce n’est le cas avec aucun des autres programmes”.

Cependant la certification FSC n'est pas exempte de polémiques.

FERN a ainsi listé en 2008 plusieurs évolutions indispensables pour que le FSC maintienne sa crédibilité. Cela concerne :

• le manque de performance des organismes de certification ;
• la politique du "bois contrôlé" ;
• le mécanisme de plainte.

Puis en 2009, FERN a posé des conditions au maintien de sa participation au FSC. Ce dernier doit arrêter :

• de certifier de plantations à grande échelle en monoculture à croissance rapide ;
• d'octroyer des certificats de compensation carbone.

FERN précise cependant en 2009 que “le FSC est probablement le système de certification forestière le plus fiable actuellement disponible, et les critiques à l’encontre du FSC ne devraient pas être considérées comme l'approbation d’autres programmes moins fiables tels que le PEFC”.

Néanmoins la problématique des certificats de compensation carbone a finalement conduit FERN à publier sa démission du FSC en 2011, avec un argumentaire détaillé.